癌症背后谁在操控细胞功能?( 三 )
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癌症中三维基因组的异常结构
1|多发性骨髓瘤[2]
样本:骨髓瘤细胞系RPMI-8226和U266 , 正常B细胞GM12878
多组学关联:Hi-C、WGS、RNA-seq、ChIP-seq
主要结论:
癌症三维基因组需要校正拷贝数的影响 。 癌症基因组上存在大量染色体之间的相互作用的热点 , 这些热点反映了两个位点发生了易位 。 拷贝数变异发生的边界与TAD的边界趋向重合 。
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图2拷贝数变异断裂位点与TAD边界容易重合
2|睾丸生殖细胞瘤[3]
样本:睾丸生殖细胞瘤(TGCT)细胞系NTERA2
多组学关联:Hi-C、3C、GWAS、RNA-seq、ChIP-seq
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