达尔文不知道的进化论：物种进化由随机突变引起，而非自然选择( 四 ) 什么？达尔文

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与此同时，站在达尔文这边的科学家们也指出了中性进化论的缺陷，比如中性进化论并不能很好地解释趋异进化。趋异进化是指共同祖先为了适应不同环境，往不同方向发生进化的一种现象，又叫分歧进化。举个例子，人类和黑猩猩的基因差异很小，但表型差异却很大。如果按照中性进化论，自然选择对进化的作用是微弱的，那么人类和黑猩猩即便生活在不同环境下，也应该长得很像才对，但现在看来，情况似乎不是那样，比如黑猩猩拥有更多的体毛，而人类只有头发和少量体毛。

中性进化论能解释许多适应进化论不能解释的进化现象和物种差异，如前文提到的眼睛大小和毛发颜色深浅；但适应进化论又能对很多表型进化现象起作用，如为了吃到高处叶子进化出长脖子的长颈鹿。两种理论的“对战”不相上下。

而在木村提出中性进化论的50年后，基因测序和统计方法已经有了蓬勃发展，它们使得科学家在对比自然选择和中性突变对进化的贡献方面取得了进展。