再说电影的故事 ， 影片毕竟是日本团队主导创作 ， 所以故事免不了很多刻板印象和夸张情节设计 ， 同时编剧和导演又想要模仿周星驰的喜剧风格 ， 只是中国观众看了只会觉得不伦不类 。
故事开场就用字幕交代 ， 天下武功出少林 。
在少林寺有一名异国少女樱泽凛（柴崎幸 饰） ， 她是一名极具武术天份的少女 ， 自幼被送往中国少林寺学习少林拳 ， 如今她学武有成即将下山 ， 她立志回日本后 ， 要将少林拳发扬光大 。
然而等她回到日本后 ， 却发现自己爷爷所建立的道场已荒废 ， 各同门师兄弟各散东西 ， 而樱泽凛昔日的拳法师父岩井（江口洋介 饰）已经转行做中华料理厨师 。
樱泽凛找到岩井师父 ， 提出想要重建道场 ， 可岩井师父却让她放弃少林拳 ， 认为学功夫早就没有意义 。
樱泽凛大受打击 ， 但她不肯言弃 ， 决心一边自行重建道场 ， 一边找寻机会叫人学习少林拳 。
在岩井师父经营的餐馆里 ， 樱泽凛认识了饭店里的三名工作人员 ， 贪吃的水尚飘（林子聪 饰） ， 滑稽的铁布三（田启文 饰） ， 以及秀丽文静却懂得太极功夫的中国少女敏敏（张雨绮 饰） 。
樱泽凛和敏敏成为了朋友 ， 敏敏见她对传播少林拳法满腔热忱 ， 便将她带进当地的国际星馆大学的网棒球队 ， 希望可凭其身手从而提升球队的实力 。
樱泽凛凭借不凡的身手 ， 作为网棒球队的种子选手 ， 因此入读了国际星馆大学 ， 她也借机传播少林功夫 ， 在绿茵场上开始战斗 。
樱泽凛武艺高强 ， 随手一挥 ， 就能将球打飞很远 ， 堪称“大力金刚手” ， 然而她虽然有一身神奇的功夫 ， 却不懂得控制力度 ， 更忽略了打球是需要团队合作 ， 因而太过着重个人功夫技巧 ， 导致球队在比赛中失利 。
正当樱泽凛在球队中迷失自我的时候 ， 敏敏却一直在身边鼓励着她 。
而一直扬言要放弃功夫的岩井师父 ， 也突然来到了球队 ， 当起了兼职教练 ， 开始教导樱泽凛如何用少林功夫打球 ， 让她懂得如何融入球队 。
经过一番训练后 ， 樱泽凛在球场上表现优异 ， 她明白到团队合作的重要 ， 更明白要将少林拳发扬光大并不光是叫人习拳 ， 而是要将少林拳的精神融入生活 ， 从而吸引其它人对武术的兴趣 。
重新振作的凛再次融入球队 ， 影响其它队员一起练习少林拳 ， 球队的球技因而大跃进 。
正当一切事情都看似顺利时 ， 道场及餐馆却突然被一班神秘人袭击 ， 岩井师父也被打至重伤 ， 敏敏更被绑架捉走 。
樱泽凛此时发现原来一连串的袭击 ， 竟然是由星际大学的校长大场雄一郎（仲村亨饰）指使 ， 而他也是十多年前使道场毁于一旦的凶手 。
原来 ， 大场雄一郎是一名野心勃勃的武术高手 ， 而且喜欢到处踢馆 ， 他盯上了身怀少林功夫的樱泽凛 ， 为了逼对方与自己一战 ， 将岩井师父打伤 ， 并掳走了敏敏 。
为了救回敏敏 ， 以及挽回道场及少林拳的尊严 ， 樱泽凛决定独闯龙潭 ， 以少林功夫只身挑战大场雄一郎 。
电影最后安排了一场大战 ， 情节类似于《杀死比尔》+《死亡游戏》+《功夫》 。
樱泽凛来到关押敏敏的大楼内 ， 楼内每一层都布满了大场雄一郎手下的高手 ， 樱泽凛一路大杀四方 ， 连闯数关 ， 其中与数十名黑帮打手混战的场面 ， 很明显是在模仿《杀死比尔》中的名场面 。
经过一场混战过后 ， 樱泽凛来到了最高层 ， 与反派大场雄一郎展开终极对决 。
在危急时刻 ， 樱泽凛想起了一招从天而降的掌法 ， 激发出体内蕴藏的巨大能量 ， 最终一招制敌 ， 并将反派感化 ， 让他弃恶从善 。
这部《少林少女》在很多层面 ， 都能看出创作者对周星驰的致敬和模仿 ， 姑且不论这种模仿有没有学到精髓 ， 起码能够看出日本编剧和导演的诚意 ， 整部影片的故事基本自圆其说 ， 将很多周星驰电影中的情节桥段移植到了日本 ， 主线是《少林足球》 ， 结尾变成了《功夫》 。
电影的问题是很多外国人所拍摄的东方电影的普遍问题 ， 这些外国创作者们很难真的理解中国元素 ， 对功夫的理解很粗浅 ， 因而片中充满着很多让国内观众看了觉得违和感满满的情节 。
比如：开场就很假的少林寺场景、敏敏教女主打太极拳、少林拳法到最后变成气功 ， 大决战简直如同奇幻片 ， 最后女主角用迷之嘴炮感化反派等等 ， 这些情节让人看了实在无力吐槽 。
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